フレッツ光と光コラボの違いはなに？

ぶっちゃけサービスとしては何も違いはないです。（特にインターネットをつなぐことに関しては）
では何が違うのかというと、NTT東西からフレッツの料金が直接請求されるのか、卸事業者がその事業者だけのサービスを追加して料金を事業者が請求するのかの違いでしょうか。
NTT東西が提供しているサービスが卸対象サービスになっていない、又は卸事業者が提供していない場合、NTT東西から直接契約をすることが出来るので使用感としては本当に変わらないでしょうね。